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人權學程是國內唯一的人權專業教學單位，目的在於有系統地提供人權基礎教育予大專院校學生。除著重人權理論的思辨外，也訓練學生主動關心社會公義，以及弱勢團體的權益。具體的發展目標如下：
(一) 理論與實踐並重
注重人權的哲學背景與理論基礎，助於釐清基本的人權概念，且注重人權在不同領域的社會實踐。課程在人權理論與經驗研究之外，亦注重人權活動的參與。學程除鼓勵學生修讀〈實習〉、〈田野調查〉外，也可藉與國內外非政府組織交流學習之機會，瞭解實際的人權工作項目和內容。
(二) 涵蓋人權的普遍性與特殊性
本學程認為性別、族群、階級、物種生態的分析和進路，有助於處理特殊的人權議題，顯示不平等的權力關係。因此，本學程除以人權作為普世價值的理想，也涵蓋特殊的人權議題。
(三) 人文與科技之整合
本學程關注最新的知識經濟與基因工程發展所引發的人權問題，不但從人文、社會、法律、公衛和心理等個別範疇作相關的探討，也整合人文社會科學與自然科學的研究成果，評估最新的科技發展對於人類的影響，做為未來人權維護的重要工作指標。
(四) 本土化與國際化並重
本學程除介紹國際的人權發展與標準外，亦從人權的視野，回顧在地所承襲的歷史和文化，以整合開創出具有維護人權價值的在地文化。
(五) 培養參與國內外人權組織的優秀人才
台灣非政府組織在解嚴後如雨後春筍般蓬勃發展，且與國際間的非政府組織有密切的交流和合作。台灣因外交被國際孤立的特殊處境，尤其需要藉助民間非政府組織之力量，參與國際事務。本學程提供相關的課程和訓練，培養學生未來參與國際人權事務的公民社會運動。