台灣學界對人權教育的經營已有十幾年的經驗；1995年，東吳大學與台北市立師範學院（現台北市立教育大學）及陽明醫學院（現陽明大學）合作，開始在不同的系所開設人權課程。同時也與不同的學術機構和非政府組織，共同組成「人權、和平、發展教育聯盟」，鼓勵台灣大專院校老師開設人權課程。2000年12月，東吳大學成立張佛泉人權研究中心，以推動大專院校的人權教育與研究為主要目標。
為培養人權關懷、推廣人權概念，在東吳大學張佛泉人權研究中心（全台第一個人權專業研究中心）及許多義工的努力之下，我們於2004年8月成立了人權學程。
東吳大學人權學程是國內唯一的人權專業教學單位，旨在提供大專院校學生系統性的人權基礎教育。不僅著重人權理論的思辨，我們也鼓勵學生主動關注社會不正義的現象，以及弱勢群體的權利！
人權學程邀請許多傑出學者專家與非政府組織工作者參與教學，也與國內外非政府組織密切合作，以培養學生對人權議題的深度理解與實踐能力為核心，結合法學、人文社會科學等多重視角，提供跨領域的專業知識與研究訓練。
除了在課堂裡學習外，同學們更有充足的機會，透過校外實習、參與人權倡議活動，實踐所學。
本學程設有大學部跨領域學分學程與碩士學位學程，讓學生能依不同學習階段深入探索國際人權法、社會正義、性別平等、環境與永續發展等重要議題。課程設計強調理論與實務的結合，透過多元教學與實地參與，培養學生批判性思維、政策分析能力，以及推動社會變革的實踐力。我們不僅關注全球化挑戰的學術基地，更希望能成為培育新一代人權守護者與倡議者的重要搖籃。
此外，在張佛泉人權研究中心及人權學程的基礎上，我們於2008年9月正式開辦人權碩士學位學程，招收國內外學生，進修人權專業的碩士學位。未來，我們將持續加強師資陣容，整合課程，期待成為亞洲人權教學與研究的重鎮。
在歷屆主任黃默教授、鄧衍森教授、黃秀端教授、陳俊宏教授、林瓊珠教授以及陳瑤華教授辛勤帶領下逐漸奠定其規模。2025年8月1日起由人權學程林沛君副教授擔任主任一職，將持續致力於人權教育推動與人權關懷之實踐。
人權學程經過這幾年的努力，不論在研究成果或教學方法，都有了初步成果。基於這些歷練與基礎，也結合張佛泉人權研究中心長期與教育部密切合作的關係，及從事國際交流所累積的經驗和資源，始於2008年成立人權碩士學位學程，其宗旨在於深化人權的教學與研究，並培養具備碩士學位的專業人才，以期在學術及實務領域上有所貢獻，將台灣人權教育的工作，推進到新的階段。